วัดนิกรชนารามเริ่มก่อตั้งเมื่อต้นปี พ.ศ. 2478 สืบเนื่องจากพระธรรมวโรดม (เซ่ง อุตฺตโม) วัดราชาธิวาส เจ้าคณะมณฑลนครศรีธรรมราชมาตรวจการคณะสงฆ์ เมื่อเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2477 พำนักที่วัดตานีนรสโมสร พระธรรมวโรดมมีความประสงค์จะสร้างวัดในเมืองปัตตานีเพิ่มอีกหนึ่งวัด เนื่องจากในเมืองปัตตานีมีวัดอยู่เพียงสองวัด คือ วัดตานีนรสโมสรกับวัดนพวงศาราม ชุมชนไทยพุทธมีจำนวนมากและต้องเดินทางไกลเพื่อประกอบพิธีทำบุญ ท่านได้เดินทางเพื่อหาที่สร้างวัดหลายแห่ง จนพบที่ดินที่เป็นป่าช้าแห่งหนึ่ง มีความพึงพอใจมาก จึงขอที่ดินแปลงนี้ต่อพระบริรักษ์ภูธร ข้าหลวงประจำจังหวัด และขุนชูปรีชาวุฒิ นายอำเภอสะบารัง ข้าหลวงประจำจังหวัดและนายอำเภอไม่ขัดข้อง เพราะเห็นว่าในบริเวณดังกล่าวมีชุมชนชาวจีนอาศัยอยู่หนาแน่น สามารถที่จะดูแลอุปฐากพระสงฆ์ได้ไม่อัตคัด พระธรรมวโรดมขอความอนุเคราะห์ทางราชการดำเนินการปรับพื้นที่แผ้วถาง เริ่มก่อตั้งสำนักสงฆ์หัวตลาดขึ้นเป็นครั้งแรก ในระยะนี้ท่านสั่งให้พระวินัยธร (หนู) วัดมายอ มารักษาการเจ้าอาวาสสำนักสงฆ์หัวตลาด ต่อมาได้สั่งการให้พระครูสโมสรสิทธิการ (แก้ว) มาเป็นเจ้าอาวาส พระครูสโมสรสิทธิการเดิมเป็นชาวม่วงหมู่ อำเภอสิงหนคร จังหวัดสงขลา ท่านเดินทางมาดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาสวัดตานีนรสโมสร เมื่อปี พ.ศ. 2460 ต่อมาเมื่อปี พ.ศ. 2477 พระธรรมวโรดมได้ย้ายพระธรรมโมลี (เกตุ ติสฺสโร) เจ้าคณะอำเภอเมืองสงขลา ขณะเป็นพระครูวิจิตรคณานุรักษ์ มาเป็นเจ้าคณะมณฑลปัตตานี และพำนักอยู่วัดตานีนรสโมสร พระครูสโมสรสิทธิการได้ย้ายมาดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาส สำนักสงฆ์หัวตลาด ในปีพ.ศ. 2478 ระยะแรกพักอาศัยที่ศาลาริมถนนอาเนาะรูเป็นการชั่วคราว ท่านได้ดำเนินการแผ้วถาง ขุดตอไม้ ปลูกสร้างกุฏิที่พัก โดยทางราชการได้นำนักโทษเรือนจำปัตตานีมาเป็นกำลังสำคัญในการแผ้วถางในครั้งแรก ต่อมาคณะศรัทธาชาวจีนบริเวณหัวตลาดได้ออกทุนทรัพย์จ้างกรรมกร จนเป็นสถานที่โล่งเตียน พื้นที่วัดในอดีตเป็นทรายขาวสะอาด มีน้ำท่าบริโภคใช้สอยไม่ขัดสน และตั้งอยู่ในย่านชุมชนชาวจีน
ในระยะแรกของการก่อสร้างสำนักสงฆ์หัวตลาด นางซุ่ยสิ้ม ปริชยากร เป็นผู้นำชักชวนคณะศรัทธาชาวจีนสร้างกุฏิที่พักสงฆ์ จำนวน 9 หลัง นางซุ่ยสิ้ม ปริชยากร 5 หลัง คุณยายยี่เหนี่ยว 1 หลัง นายซุ่นเอี้ยง โกวิทยา 1 หลัง นายโฮ่ 1 หลัง นางโบ้ยห้วย 1 หลัง และต่อมาคณะศรัทธาชาวจีนได้สร้างถาวรวัตถุอีก เช่น นางโบ้เอี้ยน แซ่เล่า สร้างกุฎิถาวร 1 หลัง เป็นที่พำนักของพระครูสโมสร สิทธิการ นายเทียนล็อก นางโบ้ยห้วย แซ่เหง่า ปฏิสังขรณ์ศาลาริมถนนอาเนาะรู 1 หลัง ศาลาตึกกลางวัด 1 หลัง บ่อน้ำ 1 บ่อ นายซุ่นเอี้ยง โกวิทยา ซ่อมบ่อน้ำ 1 บ่อ และบริจาคทรัพย์จ้างกรรมกรแผ้วถางถมดินในบริเวณวัดให้เรียบเสมอ ขุนประเสริฐราชกิจ พัสดีจังหวัดปัตตานี สร้างเชิงตะกอนสำหรับเผาศพ นางลมล เดชะสวรรณ์ ถวายกระเบื้องดินเผา 4,000 แผ่น นางเฉ้งห้วย ถวายไม้เครื่องเรือน 1 หลัง พร้อมกระเบื้องดินเผา สำหรับปลูกโรงไม้ทำการก่อสร้างศาลาการเปรียญ นางซุ้ยสิ้ม ปริชยากร สร้างศาลาป่าช้า 1 หลัง บ่อน้ำ 1 บ่อ และจัดอาหารเลี้ยงนักโทษในเวลาที่มีการปรับพื้นแผ้วถางสำนักสงฆ์หัวตลาด
และในปีเดียวกัน นางซุ้ยสิ้ม ปริชยากร ได้เป็นผู้นำชักชวนคณะศรัทธาชาวจีนบริจาคทรัพย์สร้างศาลาการเปรียญ เป็นเรือนไม้ยกพื้น มีพระครูสโมสรสิทธิการเป็นประธาน พระครูมานิตสมณวัตร เป็นช่าง ดำเนินการก่อสร้างศาลาการเปรียญจนแล้วเสร็จ ระยะเวลาก่อสร้าง 3 ปี ฉลองสมโภชในปี พ.ศ. 2481 สิ้นเงินทั้งหมด 3,756 บาท 76สตางค์ ต่อมาศาลาการเปรียญหลังนี้ชำรุด และได้สร้างขึ้นใหม่ในปี พ.ศ. 2534 ในระยะสร้างศาลาการเปรียญนี้ พระธรรมวโรดมได้เปลี่ยนชื่อสำนักสงฆ์หัวตลาดว่า วัดนิกรชนาราม แต่ก็ยังมีสถานภาพเป็นสำนักสงฆ์ ชาวบ้านนิยมเรียกว่า วัดหัวตลาด เพราะยังไม่ได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมา
สำนักสงฆ์หัวตลาดได้พัฒนาให้มีความเจริญก้าวหน้าตามลำดับ และได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมา เมื่อวันที่ 5 เมษายน พ.ศ. 2517 เขตวิสุงคามสีมา กว้าง 15 เมตร ยาว 45 เมตร สมัยพระครูวิโรจน์ธรรมาภรณ์ (เมือง ชุตินฺธโร) ท่านได้ดำเนินการสร้างอุโบสถในปี พ.ศ. 2519 สร้างศาลาการเปรียญคอนกรีตเสริมเหล็กในปี พ.ศ. 2534 สร้างหอฉันและหอระฆังในปี พ.ศ. 2538 วัดนิกรชนารามมีความเจริญรุ่งเรืองตั้งแต่พระครูวิโรจน์ธรรมาภรณ์จนถึงปัจจุบัน
ปูชนียวัตถุสำคัญในวัดนิกรชนาราม
1. พระประธานในศาลาการเปรียญ เป็นพระพุทธรูปหล่อปางมารวิชัย หน้าตักกว้าง 1 เมตร 35 เซนติเมตร มีฐานสิงห์สูง 50 เซนติเมตร หล่อติดกับองค์พระ
2. พระพุทธรูปสร้างด้วยเกสรดอกไม้ ปางมารวิชัย หนักตักกว้าง ๑ ศอก นางยกเฮี้ยว เลขะกุล สร้างถวาย
ทำเนียบเจ้าอาวาสวัดนิกรชนาราม
1. พระครูสโมสรสิทธิการ (แก้ว) พ.ศ. 2478–
2. พระครูโสภณธรรมจารี
3. พระชื่น ฐิตกุโล
4. พระครูวิโรจน์ธรรมาภรณ์ (เมือง ชุตินฺธโร) พ.ศ. 2516 – 2542
5. พระครูถาวรธรรมารักษ์ (เคี้ยง ถาวโร) พ.ศ. 2543 – ปัจจุบัน
