เดิมเป็นมัสยิดแห่งรัฐปัตตานี เริ่มก่อสร้างเมื่อสมัยเมืองปัตตานีเป็นเมืองหรือรัฐปัตตานี มีเจ้าเมืองปกครองตนเอง คือ สุลต่านมูฮัมหมัด หรือ ตนกูบือซาร์ หรือ ตนกูปะสา เป็นเจ้าเมืองปัตตานี ช่วงประมาณ พ.ศ. 2388-2399 ได้ทรงเริ่มสร้างมัสยิดประจำเมืองปัตตานี
ในสมัยตนกูปูเต๊ะฮฺ พ.ศ. 2399-2424 เดิมเป็นสุเหร่าอาคารไม้ สร้างในรั้ววัง ต่อมาได้ย้ายมาสร้างเป็นอาคารถาวร ณ ที่ปัจจุบัน ซึ่งอยู่ทางทิศตะวันออกของวังเจ้าเมือง ก่อนถึงสุสานหลวง (กูโบร์โต๊ะอาเยาะฮฺ) ต่อมาตนกูตีมุง พ.ศ. 2424-2433 ได้ทรงแต่งตั้งฮัจญีอับดุลาเตะฮฺ ดาโต๊ะ เป็นอีหม่ามท่านแรกอย่างเป็นทางการ และได้ขยายอาคารเพิ่มเติม แต่ยังไม่ทันแล้วเสร็จสมบูรณ์ท่านได้เสียพระชนม์เสียก่อน ต่อมาตนกูสุไลมานหรือตนกูบอซู พระอนุชาตนกูปูเต๊ะฮฺ ได้ทรงสร้างต่อจนแล้วเสร็จ มีการขยายอาคารในส่วนที่เป็นอิฐเพิ่มเติม พร้อมทั้งได้ประดับลวดลายภายในมัสยิดด้วยไม้แกะสลัก พรรณพฤกษา และได้เปลี่ยนชื่อใหม่เป็น “มัสยิดรายอฟาฏอนี” ตามคำเรียกชื่อเมืองปัตตานี มัสยิดแห่งนี้มีความโดดเด่นที่สถาปัตยกรรมมลายูปาตานี ซึ่งผสมระหว่างอาคารทรงพื้นเมืองหลังคา 2 ชั้น ทรงปั้นหยา และยอดโดมแบบสถาปัจยกรรมตะวันออกที่อยู่ด้านหลังของอาคาร