ในอดีตปัตตานีอยู่ใต้อำนาจของสยาม ผู้เล่าได้กล่าวถึงสมัยพระเจ้าปราสาททองว่า ปัตตานีพยายามปลีกตัวเป็นอิสระ ด้วยเหตุที่เจ้าเมืองปฏิบัติตัวไม่ถูกต้องตามกฏมณเฑียรบาล สยามจึงยกทัพมาปราบปัตตานี แต่ปราบปัตตานีไม่สำเร็จ ไม่ว่าจะเป็นสมัยสมเด็จพระนเรศวร หรือสมัยพระเจ้าปราสาททอง ยกทัพมาตีปัตตานี แต่ไม่สามารถตีปัตตานีให้แตกได้ เหตุผลประการหนึ่งก็เพราะทุกครั้งที่ตีปัตตานี ยะโฮร์ กลันตัน ตรังกานู ที่มีความสัมพันธ์อันดีกับปัตตานียกทัพมาช่วยทุกครั้ง
สมัยกษัตริย์องค์สุดท้ายคือ มุสตอฟา ซึงเป็นบุตรของพระเจ้าอินทิรา มุสตอฟามีความสัมพันธ์อันดีกับอยุธยา เมื่อทำศึกสงคราม อยุธยาเห็นว่าปัตตานีเก่งเรื่องการสงครามทางทะเล จึงขอให้ปัตตานีมาช่วยทำศึกสงคราม แต่อยุธยาเกิดขัดใจกับปัตตานี ปัตตานีจึงยึดอยุธยาเป็นเมืองขึ้นนาน 2 เดือน พระมหาจักรพรรดิต้องหนีออกจากพระราชวังไปอยู่เกาะ แต่ต่อมาไม่นานพิษณุโลกยกทัพมาช่วยอยุธยา ทำให้ปัตตานีพ่ายแพ้ไป ปัตตานีมักจะเข้าไปเกี่ยวข้องทางการเมืองกับอยุธยาอยู่เนือง ๆ บางครั้งก็เป็นเมืองขึ้นและอิสระสลับกันไป
ที่มาภาพประกอบ : สมชาย วิรุฬหผล. 2558. จากนูซันตาราสู่มหานครปัตตานี. กรุงเทพฯ: วิกายา.