ฐานข้อมูลวิจัยจังหวัดชายแดนภาคใต้ พัฒนาขึ้นตามข้อเสนอแนะของโครงการวิจัยเรื่องเทคโนโลยีสารสนเทศและนิเทศศาสตร์เพื่อสันติสุขของชาติ ซึ่งได้รับการสนับสนุนงบประมาณจากสำนักงานคณะกรรมการวิจัยแห่งชาติ ฐานข้อมูลวิจัยนี้จะเป็นช่องทางการนำเสนอข้อมูลจากการวิจัยเกี่ยวกับจังหวัดชายแดนภาคใต้ซึ่งประกอบด้วยจังหวัดปัตตานี ยะลา นราธิวาส และสตูล ทั้งในด้านการเมืองการปกครองศิลปะ และวัฒนธรรม วิถีชีวิตและประเพณีประวัติศาสตร์ ภูมิทัศน์และการท่องเที่ยว ทรัพยากรและสิ่งแวดล้อมการศึกษา สุขภาพอนามัย ศาสนา และกฎหมาย ข้อมูลเหล่านี้จะเป็นเสมือนภาพ สะท้อนอัตลักษณ์ของสามจังหวัดชายแดนภาคใต้ ช่วยสร้างความเข้าใจผ่านผลงานวิจัยซึ่งจะเป็นประโยชน์ต่อผู้ที่มีบทบาทในการพัฒนาพื้นที่ นักวิชาการ นักศึกษา และผู้สนใจทั่วไป ได้ใช้เป็นข้อมูลเบื้องต้นหรือเพื่อการพัฒนาองค์ความรู้เกี่ยวกับสามจังหวัดชายแดนภาคใต้ต่อยอดจากงานวิจัยเดิม
ต่อมาในปี 2554 ได้มีการปรับปรุงและเพิ่มเติมเอกสารอื่นๆ ที่เกี่ยวข้องกับจังหวัดชายแดนภาคใต้ นอกเหนือจากงานวิจัยขึ้น ตามโครงการพัฒนาระบบข้อมูลข่าวสารและองค์ความรู้จังหวัดชายแดนใต้ ซึ่งสนับสนุนข้อมูลโดยสถาบันวิจัยและพัฒนาสุขภาพภาคใต้ โครงการนี้จัดทำขึ้นเพื่อพัฒนาระบบข้อมูลข่าวสารและองค์ความรู้จังหวัดชายแดนใต้ให้มีความเชื่อมโยงเป็นระบบ และสามารถเข้าถึงได้ง่าย และเหมาะสม สืบค้นได้รวดเร็วและมีประสิทธิภาพ เพื่อเป็นฐานในการสังเคราะห์องค์ความรู้ใหม่หรือสร้างองค์ความรู้ต่อยอดที่เป็นประโยชน์ในการพัฒนาและแก้ไขปัญหาจากความรุนแรงในจังหวัดชายแดนใต้